Entre sus principales actividades, la Sociedad Gaditana de Historia Natural organiza cada 2 años las Jornadas de Historia Natural de Cádiz. Este evento reúne a científicos, naturalistas, gestores, aficionados o interesados en la naturaleza de la provincia de Cádiz recogiendo aportaciones interesantes en el ámbito del conocimiento y conservación de cualquiera de los elementos del patrimonio natural. Coincidiendo con la celebración de las Jornadas de Historia Natural de Cádiz, la SGHN tiene tradición de nombrar a un/a Socio/a de Honor.
Con el ánimo de facilitar la asistencia de naturalistas aficionados o profesionales de toda la provincia y, aprovechando la variedad y belleza de todos sus rincones, se alterna la localidad de celebración de las Jornadas. Así, desde 2002, se han organizado Jornadas en Sanlúcar de Barrameda, Grazalema, Jimena de la Frontera, Jerez, el Puerto de Santa María, Vejer, Medina Sidonia, Arcos de la Frontera, San Fernando y Rota.
Asimismo, coincidiendo con las jornadas, la SGHN organiza el Concurso de Ilustración de Naturaleza, dotado de un premio económico y con el que se ilustra la portada de la Revista de la SGHN.